Ricerca: scoprire nuovi virus e ceppi batterici

La SARS-CoV-2 e la malattia COVID-19 causata dal virus tengono a bada il mondo intero. Tuttavia, molti altri agenti patogeni possono anche causare malattie infettive. Il mio gruppo di ricerca ha ora scoperto migliaia di nuovi virus e ceppi di batteri.

Secondo un altro Messaggio Uno studio congiunto del microbioma dell’Istituto di genetica medica e genomica applicata presso l’ospedale universitario di Tubinga e il Weill Cornell Graduate College di New York ha scoperto migliaia di nuovi batteri e virus in tutto il mondo. Esaminando questi campioni, i ricercatori dell’International MetaSUB Consortium possono identificare i ceppi resistenti agli antibiotici e sviluppare nuovi farmaci.

Campioni da stazioni della metropolitana e ospedali

Durante lo studio triennale, gli scienziati di Metagonomics e Metadesign of Subways and Urban Biomes (MetaSUB) hanno scoperto 10.928 virus e 748 ceppi di batteri che non erano ancora stati registrati in un database di riferimento.

Il team di ricerca guidato da Daniela Bezdan (University Hospital Tübingen) e David Dinko (Weill Cornell Graduate College di New York) ha raccolto più di 5.000 campioni da stazioni della metropolitana densamente popolate, stazioni ferroviarie e ospedali in 60 città in 32 paesi diversi per la prossima generazione . La sequenza. , Che è il metodo di sequenziamento del DNA.

Con l’aiuto dei campioni studiati di microbi, i cosiddetti microbi, gli esperti sperano di saperne di più sui batteri, virus e altri microrganismi che vivono negli esseri umani.

“Sebbene siano necessarie ulteriori ricerche, questi dati dimostrano il valore e il potenziale della mappatura e del monitoraggio del microbioma e le informazioni che può fornire a medici, scienziati e funzionari della sanità pubblica”, spiega Daniela Bezdan.

I risultati dello studio sono stati recentemente pubblicati sulla rivista.Il“Pubblicato. Un’ulteriore pubblicazione è apparsa sulla rivista di settore.”Microbioma“.

Miscela urbana di batteri rari

Secondo la pubblicazione, campioni su larga scala hanno rivelato un mix specifico della città di specie batteriche rare che costituiscono un microbioma unico che ha permesso ai ricercatori di prevedere con una precisione fino al 90% dove vive una persona, semplicemente sequenziando il DNA sulle scarpe. .

Si trovano molti fattori che influenzano il microbioma della città, tra cui la popolazione totale, la densità di popolazione, l’altitudine, la vicinanza al mare e il clima. La conoscenza scientifica di queste diverse firme potrebbe consentire futuri studi forensi.

“Il microbioma contiene una risonanza molecolare del luogo in cui è stato raccolto. Un campione costiero può contenere microbi amanti del sale, mentre un campione di una città densamente popolata può mostrare una biodiversità sorprendente”. Danco.

Identificazione di ceppi resistenti agli antibiotici

Secondo i ricercatori, queste nuove scoperte potrebbero aiutare a identificare i ceppi resistenti agli antibiotici.

La resistenza agli antibiotici è difficile da prevedere dalla sola sequenza genetica, ma gli scienziati sono stati in grado di identificare alcuni dei geni associati alla resistenza, determinarne la frequenza e confermare la loro capacità di trasmettere resistenza.

Si è scoperto che alcune città hanno più geni di resistenza di altre, e quindi ci sono firme specifiche della città per alcuni di questi geni.

Poiché molti degli antibiotici e dei farmaci in uso oggi provengono da fonti batteriche, la ricerca sulle molecole e sulle proteine ​​prodotte dai microbi dovrebbe aiutare a scoprire più nuove molecole e antibiotici. Secondo gli esperti, questi farmaci, oltre agli strumenti e agli approcci di laboratorio, possono contribuire allo sviluppo di nuovi farmaci.

Non è stato possibile rilevare virus come SARS-CoV-2 utilizzando i metodi di analisi del DNA di questo studio. “Negli studi futuri, esamineremo non solo il DNA ma anche l’RNA in modo da poter rilevare virus a RNA come SARS-CoV-2 negli ambienti urbani in più di 50 paesi in tutto il mondo”, spiega Daniela Bezdan. (Annunci)